許多先天疾病能使小孩得青光眼。這些先天疾病有的遺傳，有的不遺傳，但都會(huì )在出生時(shí)或不久后就表現出來(lái)。盡管眼睛的其他部分最初包括在這些病中，但它們最終會(huì )引起青光眼，因為它們會(huì )損傷眼睛的引流子流。
        這些情況比原發(fā)性嬰幼兒型青光眼少得多。由于常常有眼睛某些部分的發(fā)育不全，所以難治。如果出現青光眼，則其治療方案和原發(fā)性嬰幼兒型青光眼相同。

家族性虹膜發(fā)育不全

       這種病可遺傳，以眼睛虹膜結構發(fā)育不全為特征發(fā)育不全的虹膜阻住小梁網(wǎng)狀結構，發(fā)生青光眼。盡管出生時(shí)就存在缺陷，但青光眼可在出生時(shí)或以后任何時(shí)候甚至成年后發(fā)生。但是顯然患這種病的人沒(méi)有人能長(cháng)期逃脫青光眼。這樣的青光眼患兒手術(shù)效果好。如果成年后才發(fā)病，激光或手術(shù)治療可控制眼壓。

無(wú)虹膜癥

        無(wú)虹膜癥意味著(zhù)虹膜缺失。這種情況很罕見(jiàn)，胎兒第二十周時(shí)雙眼發(fā)育受到影響，虹膜只留下一小段殘根。殘根前移，粘在房角壁上。妨礙小梁網(wǎng)狀結構，出現青光眼。角膜也可能受影響。如果它變混濁，還會(huì )發(fā)生白內障，大多數患者視力可到20/200 ，法律上認為屬于失明，但仍有少數人視力可正常。有一類(lèi)無(wú)虹膜癥被認為是由于11號和13號染色體部分缺失而遺傳的，這種情況與智力發(fā)育遲緩有關(guān)。
        無(wú)虹膜癥引起的青光眼難以治療，因為如果治療無(wú)虹膜癥引起的青光眼難以治療，因為如果治療不能控制住眼壓，再進(jìn)一步采取手術(shù)治療會(huì )很危險。無(wú)虹膜的眼睛極脆弱，手術(shù)會(huì )造成更多的外傷。同樣，白內障摘除術(shù)和角膜移植也很危險。
        患這種病的人通常會(huì )完全失明，但這種病很少見(jiàn)，10萬(wàn)至100萬(wàn)兒童中才有1個(gè)因此失明。